ある日、沖縄(shéng )の(📼)海(hǎi )に奇(qí )怪な生物(🃏)が現れた。オニヒ(🤢)トデ(🍥)を思わせる「それ」は毒液で(🗼)漁師を負傷させ、瞬く(🎲)間に日(rì )本全域(yù )に(😎)広(guǎng )が(🖲)った。それは伝説(shuì )のニ(🎡)ライカナイの古(🔲)代(dài )文明が環境汚染の解(🎿)決の為(🗑)の生体浄化シ(🚸)ステムとして生(shēng )み出したが、暴走したため(🥁)に結果と(🛑)してニライカ(💱)ナイの滅(🌊)亡(wáng )(㊗)の一(🥔)因(💻)となった怪獣ダガ(🙌)ー(🤠)ラの復(fù )活(㊙)の前兆(zhào )であった。
　(🧤)　エリアス姉妹(💠)は(👺)地球の危機を察(🐀)知(zhī )して石(shí )(🤖)垣(yuán )島へ飛ぶと、そこに(💹)はニライカナイから来た(😊)小生物ゴーゴが出現し、その(💅)尾の装(zhuāng )飾リングから宝がある事(shì )を悟(wù )った本土(tǔ )からの密猟者と(🔷)、ゴーゴを保(🍽)護した地(🚲)元(📐)の少女(🔙)たちがいた。エ(💣)リアス姉妹は「ニライカナイの遺跡(jì )にはダガーラを倒す秘(💅)宝(🤼)がある」という伝説(🚩)を知(⛴)ってい(💁)た。少女たちとエリアス姉妹、そして姉(💛)妹(👼)と対立する(✒)黒い妖精ベルベラと密(mì )猟者(♊)はそれぞれ組んで(🌒)海へ出る。
　(😼)　(🔮)ゴー(♟)ゴの手引きでニライカ(🤠)ナイの遺(😙)跡(👡)であるピラミッドが海から出現した。だが(🏉)、宝捜(sōu )し(🚔)をしている頃、石(shí )垣島(dǎo )にダ(🃏)ガーラが上(🏺)陸し暴れ出し(💘)たため、エリアス姉妹はモスラを召喚して戦い(💦)を挑む。ダガーラとモスラは石垣島(dǎo )から西表島(dǎo )まで空(kōng )中(🖨)戦(🛍)を(🐔)繰(🔦)り(🔘)広げ、遺(🏈)跡(⛹)のピラミ(📩)ッド付(fù )近(☔)で海中戦となり、モ(🤯)ス(📒)ラは海での戦(zhàn )いを得意(yì )とするダガーラ(🈹)に海に引きずり(🐞)込ま(🤺)れた(🌳)。そしてダガ(⚡)ーラは「そ(🔷)れ(🏰)」 = 無(wú )(🏌)数(shù )(🏁)のベー(🕝)レムを(🏃)モスラに(♉)取り付かせ(🐺)、モスラは戦(zhàn )闘不能に陥(🏽)った。エリ(🔝)アスは必死(✝)にモスラに取り(🔷)付いたベー(🥩)レムを剥(bāo )がそ(🐑)うと試(shì )みるが、あまりにも沢(zé )(🔷)山付(💽)いているため(🈶)、全くきりがな(🛀)い。絶体絶命の(🔢)ピンチに陥ったモス(👋)ラ、宝の(📐)発見(jiàn )(🔹)は(🦇)急(😞)務(wù )となった。
　　遺(🥗)跡の中(🚁)のトラ(🎴)ップをくぐり抜(📌)け(⬛)た少女たちと密猟者は、辿りついたホー(🆘)ルでニライカナイの王女(❄)の立体(tǐ )映像(xiàng )から「ゴー(🧜)ゴが宝(🍺)の主(🚲)と(🥟)して(🈁)少女 = 汐(🦁)里を(😛)選(♑)んだ」(🥐)事(🏉)を告げられ(🚑)る。だが、ダガーラはピラミッドを襲(👺)撃してきた! 崩(😫)壊(huài )するピ(📿)ラミッド(🤱)の最中、モ(🍵)スラは(🎙)ゴーゴの「命(mìng )の水」の力(⚡)により(🍁)、取り付いたベーレムは(♟)取(✒)り払われ、さらにレインボーモスラと(🖐)なってパワーアップし、再びダガーラと再(🐉)戦する。さっき(🏆)までの状(zhuàng )況とは一変し、今度はモスラが優(🔐)位に(⏺)立(lì )った。ダガーラが再び(🐬)海中に潜(qián )(🆔)った(🕥)時(🙂)、モスラはアクアモスラに変身(shēn )し、戦いの舞台は(😣)、海(hǎi )底(😼)に移った。ダガーラの攻撃をバリアーでガードし、ダガーラに強力な(🤚)攻撃を与えるモスラ。さらに分(😧)身(shēn )(🚟)モ(🐀)ードとなり、ダガ(🐯)ーラの体(😚)内(nèi )(🏾)から、ベーレムを倒しながら攻撃(jī )し、遂にダガーラ(🍕)は倒れ、(📊)その(⛴)後、ピラミッドと共(🧒)に消(🔋)滅。モスラ(🗂)も海(hǎi )から出て(🦏)きた後、元の姿のレイ(🏋)ンボーモスラに戻り、インファン(🧥)ト島に帰って行き、危機(jī )は去ったのであった。